شهید صدوقی در سال ‪ ۱۳۳۰به پیشنهاد امام راحل و به درخواست عده کثیری از مردم یزد برای بارور کردن زمینه‌های انقلاب به زادگاهش برگشت.

وی در طول نهضت اسلامی بعنوان یار صدیق رهبری، نهضت اسلامی ایران را در یزد به عهده گرفت و با تمام توان در راه انجام این وظیفه خطیر کوشید.

ارزنده‌ترین خصلتهای شهید صدوقی تواضع و توجه خاص وی نسبت به محرومان و مستضعفان،معنویت و روحانیت بی‌نظیر،اطاعت همه جانبه از رهبر و عشق و ارادت به رزمندگان اسلام و حضور در عملیات آنان بود.

حجت‌الاسلام معزالدینی درخصوص مهدویت در افکار و اندیشه‌های شهید صدوقی گفت: شهید صدوقی در کمتر اعلامیه و سخنرانی بود که نام مبارک حضرت ولی عصر(عج) را نبرد و برای فرج ایشان دعا نکند و به این وسیله به مردم نشان می‌داد که همیشه به حضرت ولی عصر(عج) توجه داشته باشند و بدانند که وظیفه اصلی آنها در زمان غیبت، دعا برای فرج آن حضرت است و حتی هنگامی که می‌خواستند رمز عملیات خرمشهر را بدهند ابتدا دعای عظم‌البلاء را قرائت نمودند.

حضور همه جانبه توام با سازش ناپذیری درصحنه مبارزه با طاغوت ستمشاهی و هوشیاری و روشن بینی‌های خاصی در سخت‌ترین شرایط انقلاب و اتخاذ مواضع سریع در مقابل دشمنان انقلاب از دیگر خصلتهای بارز این مرد بزرگ بود.

آیت‌الله صدوقی سرانجام در ‪ ۱۱تیرماه ‪ ۶۱پس از ادای نماز جمعه در مسجد ملااسماعیل این شهر، هدف حمله ناجوانمردانه منافقان کوردل قرار گرفت و به شهادت رسید.